有机肥生产设备针对产生量巨大和来源广阔的作物秸秆、畜禽粪便等有机废弃物，采用微生物发酵技术对其进行堆肥处理，生产优质专用有机肥是目前普遍认可的废弃物无害化和资源化处置途径。有机肥生产设备基本上是一个“变废为肥”的过程，有机肥生产设备从减少污染物排放的角度而言，它及有机肥产业应更多地受到政策鼓励和支持。
在环境效应方面，化肥与有机肥表现截然不同，有机肥是当前国家重点关注的减排行业，而有机肥则主要利用对环境造成污染隐患的有机废弃物，如畜禽粪便、城市污泥等，有机肥生产设备和生物有机肥设备不仅不会造成环境污染，同时还可降低对水体、土壤的污染负荷。
近年来有机肥行业响应国家号召，在节能减排方面做了大量卓有成效的工作，如肥行业的污水零排放工程等，但由于其对原料消耗的客观事实，其排放情况复杂，因此有机肥生产设备行业对环境的污染潜在负荷压力仍然很大，特别是易造成酸雨，其减排任务依然艰巨。由于优质资源价格上涨，供应紧张，不得不转向更多地采用煤炭、低品位磷矿等劣质原料，这也在一定程度上增加了节能减排的难度。